Les eaux du littoral australien abritent quarante-six espèces de mammifères marins, de l'ordre des cétacés. Toutefois, ces espèces étant présentes dans d'autres régions du monde, certains auteurs ne les considèrent pas comme des espèces australiennes. On trouve neuf espèces de mysticètes dont l'énorme baleine à bosse. Les odontocètes (ou cétacés à dents) y sont représentés par 37 espèces, dont les six genres de la famille des ziphiidae (baleines à bec) et 26 espèces de delphinidae (dauphins océaniques), avec parmi celles-ci le dauphin à aileron retroussé d'Australie, espèce décrite pour la première fois en 2005. Certains delphinidae, comme l'orque, sont présents tout autour du continent, tandis que d'autres, comme le dauphin Irrawaddy, vivent exclusivement dans les eaux plus chaudes du nord. Le dugong (de l'ordre des sirenia) est une espèce marine menacée qui vit dans les eaux du Nord-Est et du Nord-Ouest de l'Australie, plus particulièrement dans le détroit de Torres. Il peut mesurer jusqu'à trois mètres et peser jusqu'à 400 kilogrammes. Le dugong est le seul mammifère marin herbivore d'Australie. Il se nourrit de plantes aquatiques situées au large des côtes. Cette espèce est menacée notamment par la destruction des fonds marins sur lesquels poussent ces plantes.
Enfin, dix espèces de phoques et de lions de mer (famille des carnivora) vivent au large de la côte sud de l'Australie et dans les territoires australiens de l'Antarctique.
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